虽然精子分离技术可以用来选择胎儿的性别，但是用这种技术生女孩的几率并不高，因为它不能将X染色体的精子和Y染色体的精子100%地分离出来。
用精子分离法进行性别选择的成功率不高
选择胎儿性别的原因是将活跃的精子与不活跃的精子分开，从遗传学上看，活跃的精子大多是Y染色体精子，即形成男孩的精子，而不活跃的精子大多是X染色体精子，即形成女孩的精子。
然而，由于并非所有的不活跃精子都是X染色体精子，只有65%的不活跃精子是X染色体精子，所以通过这种技术生女孩的几率只有65%左右，而正常情况下，女性生女孩的几率已经达到50%，所以看来精子分离生女孩的成功率并不高。
提高精子分离法选择性别的成功率的方法
1、使Y染色体的精子更有活力
通过服用生精片、生精胶囊等药物，可以增强精子的活力和质量，使Y染色体精子的活力更强，从而在分离精子时能更准确地分离X、Y染色体精子，从而提高性别选择的成功率。
2. 改变女性阴道的酸度
研究表明，Y染色体在碱性环境中更有活力，而X染色体在酸性环境中更容易存活，所以改变女性阴道的酸碱度也可以提高性别选择的成功率。
3. 选择一家技术较好的医院
精子分离可以在技术较好、设备较先进的医院进行，这自然可以使性别选择的成功率更高。
精子分离在预防遗传性疾病方面有很高的成功率
通过精子分离选择胎儿性别的成功率并不高，但用这种技术预防胎儿遗传病的成功率却很高。